Naši absolventi| Tomáš Marťák| Led, oheň a hrátky s E. coli
1. července 2018 Tomáš Marťák

Led, oheň a hrátky s E. coli

Dva roky v Glasgow uplynuly mnohem rychleji než jsem čekal. Už si dokonce začínám na město zvykat. Tento rok byl ale jiný než předchozí, i když začal podobným deštivým počasím tak typickým pro Skotsko. Vše se změnilo, když bouře Emma doputovala do Glasgow a přinesla s sebou půl metru sněhu. Z Čech jsem byl zvyklý, že se toho moc nezmění, jedině že se začne solit, a že odklízecí stroje odhazují sníh ze silnic. Ve Skotsku však tyto zaopatření nejsou, a proto se na několik dní zastavily veškeré formy hromadné dopravy; několik nebohých studentů z Glasgow bylo dokonce nuceno si prodloužit svou návštěvu Edinburghu o celý víkend a rychle sehnat ubytování. Zasněžené silnice se rychle změnily v zasněžené pláně, má univerzita pozavírala převážnou většinu budov a pozastavila lekce. Velké Tesco, za normálních podmínek otevřené 24 hodin denně, zavřelo na den vánice už v 15 hodin odpoledne, mléko a vejce v prvních dvou dnech už naprosto vyprodané. I inventář ostatních obchodů naznačoval, že se Apokalypsa skutečně blíží.

Naštěstí „kalamita“ přešla zhruba za týden, vyjma pár dní, kdy lehký poprašek sněhu chvíli tkvěl na silnicích, než ho všudypřítomná vlhkost přijala za svůj. Brzy zase začalo staré známé deštivé počasí. Nevydrželo však tak dlouho, jak tomu doposud bývalo. Rovnou po dokončení zkoušek přišlo téměř tropické počasí. Bylo slunečno celé týdny v kuse, i když byly dvě deštivé bouře mezi tím. Dokonce jsem se i zvládl několikrát na slunci pořádně spálit. Ve chvílích bylo na slunci až 30 °C! Teď už je téměř červenec a připadám si tu skoro jako v Itálii spíše než jako v pochmurném městě, kterým Glasgow, společně se spousty jinými britskými městy, tak často je.

Vlna slunečného počasí mě zachytila těsně před začátkem mojí šestitýdenní stáže v laboratoři doktora Briana Smitha. Měl jsem pouze poslední týden na to, abych si užil nezvyklé teplo, než jsem začal pracovat každý den na svém projektu v klimatizované laboratoři. Zážitek, o kterém jsem léta snil a na který jsem se tolik těšil, byl příliš krátký, ale budu na něj dlouhá léta vzpomínat.

Cílem mého celkem ambiciózního projektu, který je nejspíš pro obyčejného studenta druhého ročníku univerzity i nemožné dokončit v tak krátkém časovém úseku, bylo se pokusit zkoumat chemické interakce mezi dvěma bílkovinami (CLF a EMF2) z většího bílkovinného komplexu (PRC2) pomocí NMR spektroskopie. Tyto dvě zmíněné bílkoviny by se celkem jednoduše získaly tím, že by se nejdříve nechaly vyrůst bakteriální „schránky“ pro žádané plazmidy (vedlejší cirkulární DNA v některých bakteriích, v tomto případě kódující CLF a EMF2). Plazmidy by se pak vyňaly a přetransformovaly do jiné linie bakterií, která by byla lépe schopná bílkoviny podle plazmidů tvořit ve větším měřítku. Bílkoviny by se potom mohly purifikací z bakterií získat a mohla by se blíže zkoumat jejich chemická interakce v roztoku.

I když se zprvu zadání zdálo docela jednoduché, jeho obtížnost značně vzrostla díky mé nekompetenci a Murphyho zákonu. Hned druhý den jsem vskutku hloupě zvládl zničit jak roztok s bakteriálními „schránkami“, tak plastové tubičky, ve kterých roztok byl – to vše místo toho, abych z nich izoloval plazmidy. Při izolaci mělo docházet k centrifugaci roztoku nejprve na 5000, a pak dokonce na 13000 rotací za minutu (rpm). Věřil jsem třeťákovi, který byl v laboratoři se mnou, když mi řekl, že můžu roztok zanechat v 30 ml ampulkách s tenkými platovými stěny místo toho, abych jej přemístil do 1.5 ml Eppendorfových tubiček. Ampulky přežily pět minut na 5000 rpm bez problému, a tak jsem se je po nějaké době dal centrifugovat na vyšší nastavení. Mylně jsem se nezamyslel nad tím, jak vlastně tenké stěny ampulek přežijí takový tlak, a jako třešničku na vrch jsem ani nevěděl, že má centrifuga nastavitelnou chladící schopnost – ta byla samozřejmě zapnutá. O pět minut později, cítiv pach E. coli, jsem zastavil centrifugu. Mírná vlhkost vzduchu způsobila, že víko v záporných stupních přimrzlo na buben se vzorky, a jakýkoliv pokus ho odšroubovat by zničil motor. Proto jsem opatrně odšrouboval buben z centrifugy, která nejspíš stála víc než celé mé ubytování na rok, a konečně jsem zvládl vyvinout dostatečnou sílu na to, abych víko odšrouboval. S hrůzou jsem zjistil, že z ampulek zbyly jen vlhké střepy a ohnutá, leč celá, plastová víka.

Nakonec jsem se zvládl přiblížit k dokončení projektu (do dvou týdnů by byl hotov), vypršel mi však čas. Přesto mi přišlo, že množství znalostí, které mi stáž dala, bylo na pouhých 6 týdnů neobvykle velké a jsem opravdu vděčný, že mě Brian přijal jako stážistu. Příští rok se pokusím o druhou stáž a se štěstím budu tentokrát mít lepší výsledky.

Všechny články

6. srpna 2020

Konec mého studia na University of Glasg...

Tak je to tu, konečně jsem vystudoval bakaláře biochemie na University...

Více
28. února 2020

Poslední zima mého bakalářského studia

Kde bychom byli, kdybych jako správný obyvatel Spojeného království...

Více
3. prosince 2019

Začátek mého posledního roku v Glasgow

Můj první rok začal docela rušně a tato neděle byl první den...

Více
11. září 2019

Mé léto

Teď když už jsem se propotácel třeťákem a konečně můžu pokračovat s životem, sedím v krásném...

Více
1. března 2019

Sporty a pokroky v kulinářství

Druhý semestr třeťáku už plyne v plném proudu a já jsem jen vděčný...

Více
15. listopadu 2018

Krásná volnost třeťáku

Téměř bez varování se chýlí další semestr mého studia biochemie na universitě v Glasgow ke...

Více
1. července 2018

Led, oheň a hrátky s E. coli

Dva roky v Glasgow uplynuly mnohem rychleji než jsem čekal. Už...

Více
28. února 2018

První praxe!

Už jsem se prokousal přes dvě třetiny druhého semestru a za celé období jsem nezažil ten slastný...

Více
15. listopadu 2017

Začátek druhého ročníku na University of...

S koncem prvního semestru 2. ročníku na univerzitě je už lépe...

Více
3. července 2017

Konec mého prvního roku v Glasgow

S koncem prvního roku na University of Glasgow přichází čas,...

Více
1. března 2017

První semestr na University of Glasgow

První semestr skončil před měsícem a už jen za tři měsíce pro...

Více
16. listopadu 2016

Rok jako žádný jiný

Tento rok mě vyrazil dech svou náhlostí a ani se už nestačím divit všem změnám, kterým do mého...

Více
Zpět na hlavní stránku

Probíhá ověření zadaných údajů. Nezavírejte, prosím okno prohlížeče a vyčkejte na dokončení.